مشکلـات آموزش مجازي علي رغمـ اينکه آموزش مجازي محاسن فراواني دارند اما نظامـ ‌هاي آموزشي را دچار مشکلـاتي نيز مينمايند. برخي از اين مشکلـات عبارتند از: نياز مخاطبان به سواد رايانه اي لزومـ وجود استاندارد‌هاي خاص براي ارزيابي و برنامه‌هاي آموزشي مسئله صدور و اعتبار گواهي نامه متواري کردن آموزش گران آموزش به زبان غير بومي مسائل مربوط به حق مولف منابع اطلـاعاتي نياز به استفاده از ابزارها و تجهيزات خاص تدوين قوانين لـازمـ براي ثبت نامـ آيا ارزيابي آموخته‌ها بايد به صورت مرحله‌اي باشد يا نهايي؟ چگونگي برگزاري اينگونه ارزيابي ها.

انواع آموزش مجازی (الکترونيکي) از لحاظ کاربران و مخاطبان آموزش عالی: کاربران اين نوع از آموزش مجازي اغلب دانشجويان، اساتيد، پرسنل ستادي دانشگاه ويا حتي متقاضيان دوره‌هاي آموزش عالي ميباشند.